Nato nel 1956 a Casalmaggiore, si laurea in letteratura americana all’Università di Milano. Vive a Torino.
Inizia a lavorare nel campo del cinema negli anni ’70 come critico cinematografico e saggista, avviando al contempo una piccola società di distribuzione a cui si deve la circuitazione in Italia di Fassbinder, Wenders, Wajda e di altri registi. Lavora, in seguito, in qualità di agente italiano per alcuni registi americani indipendenti come John Sayles e Jim Jarmusch.
Il suo debutto alla regia è del 1989 con La fine della notte, giudicato “Miglior film indipendente” della stagione. Dirige poi sia opere di finzione sia documentari, che gli procurano una grande considerazione in Italia e che sono stati presentati in numerosi festival internazionali, da Berlino al Sundance, a Venezia, Toronto, Locarno. Tra gli altri: Tutti giù per terra, Figli di Annibale, Guardami e i lavori realizzati con Marco Paolini. Ultimo in ordine di tempo la “commedia con musica” Tutta colpa di Giuda.
Ferrario occupa un posto singolare all’interno della scena italiana. Rigorosamente indipendente, non è solo regista ma guida, al contempo, e con notevoli risultati la propria casa di produzione, Rossofuoco. Dopo mezzanotte, realizzato con un budget molto ridotto, ha ottenuto un grande successo in Italia, ed è stato venduto in tutto il mondo, così come il documentario La strada di Levi. È anche autore di romanzi: Dissolvenza al nero è stato tradotto in molte lingue e adattato per lo schermo da Oliver Parker. Nel settembre 2010 è uscito per Feltrinelli Sangue mio.
È collaboratore di testate giornalistiche e radiofoniche; ha anche pubblicato un libro di fotografie a seguito della sua mostra Foto da galera (2005).